Ministerul Educaţiei şi Cercetării (MEdC) a întreprins măsurile de modificare a Hotărârii de Guvern nr. 223/2005 privind organizarea şi funcţionarea sa. Măsurile au fost luate conform planului de acţiuni privind restructurarea şi reorganizarea administraţiei publice centrale, aprobat în şedinţa Guvernului din data de 26 iulie 2006.
În acelaşi timp, potrivit Legii - cadru a descentralizării nr. 195/2006 sunt stabilite principii, reguli şi cadrul instituţional pentru reglementarea procesului de descentralizare administrativă şi financiară. Ministerul Educaţiei şi Cercetării a demarat procedura de descentralizare a învăţământului preuniversitar prin transferul de competenţă administrativă şi financiară de la nivelul administraţiei publice centrale la nivelul administraţiei publice locale.

Astfel, anumite direcţii şi funcţii din cadrul MEdC nu îşi mai justificau existenţa. Pentru fluidizarea procesului de luare a deciziilor şi eliminarea paralelismului dintre unele direcţii, ministrul educaţiei şi cercetării, domnul Mihail Hărdău, a decis modificarea organigramei, după cum urmează:
- patru direcţii generale, subordonate ministrului şi secretarilor de stat
- acestor direcţii generale li se subordonează alte opt direcţii
- pe lângă acestea, există şapte direcţii de sine stătătoare
- de asemenea, Centrul Naţional de Recunoaştere şi Echivalare a Diplomelor a rămas în subordinea ministrului.
Au fost trecute în subordinea ministrului următoarele unităţi de implementare proiecte: - Unitatea de management a proiectelor pentru învăţământul preuniversitar
- Unitatea de management a proiectelor privind reabilitarea şcolilor
- Unitatea de implementare a proiectului PHARE - Accesul la educaţie al grupurilor dezavantajate.
Conform noii organigrame, au fost numiţi, cu delegaţie, până la organizarea concursului de ocupare a noilor posturi, următorii:
 - Vasile Năstăsescu, director la Direcţia management şi programe universitare
- Corina Marin, director general la Direcţia generală management învăţământ preuniversitar
- Megdonia Păunescu, director la Direcţia monitorizare şi evaluare instituţională
- Eugenia Popescu, director la Direcţia management resurse umane
- Luminiţa Matei, director la Direcţia relaţii internaţionale şi comunitare.

Patru funcţii de director general sau director nu se mai regăsesc în noua organigramă, după cum urmează:
- funcţia de director general la Direcţia generală învăţământ preuniversitar, ocupată de Liliana Preoteasa
- funcţia de director la Direcţia monitorizare şi inspecţie şcolară, ocupată de Gabriela Guţu
- funcţia de director la Direcţia programe universitare, ocupată de Ion Ciucă
- funcţia de director la Direcţia relaţii internaţionale, ocupată de Florin Popescu.
Vechea organigramă a instituţiei cuprindea şase direcţii generale subordonate ministrului şi secretarilor de stat. Acestor direcţii generale li se subordonau 11 direcţii. Pe lângă acestea existau şapte direcţii de sine stătătoare, Centrul Naţional de Recunoaştere şi Echivalare a Diplomelor şi Autoritatea Naţională pentru Cercetare Ştiinţifică, subordonate ministrului educaţiei. Noua organigramă a fost publicată în Monitorul Oficial în data de 13 februarie 2007.

Biroul de Presă